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第1章 R语言简介3

1.1 平台3

上篇 R语言3

1.2 R语言的发展简史4

1.3 R语言和统计学5

1.4 运行R语言的环境及安装6

1.5 交互式使用R语言7

2.1 向量的赋值12

2.2 向量的基本运算12

第2章 R语言的基本数据结构12

2.3 构造向量13

2.4 逻辑向量16

2.5 字符向量18

2.6 复数向量18

2.7 获取向量子集和修正向量子集19

2.8 常量21

第3章 R语言对象22

3.1 对象的基本属性23

3.2 改变对象的长度24

3.3 获取对象的属性25

3.4 获取对象类26

第4章 分组因子27

4.1 分组因子27

4.2 聚集计算28

4.3 排序29

第5章 数组和矩阵30

5.1 定义数组30

5.2 数组子集操作31

5.3 构造数组33

5.4 数组计算35

5.5 矩阵37

5.6 数组矩阵合并39

5.7 定义数组的操作41

第6章 数据列表和数据单43

6.1 数据列表43

6.2 构造数据列表44

6.3 数据列表操作44

6.4 数据单45

7.1 高级函数48

第7章 导入导出数据48

7.2 低级函数50

7.3 命令台输入输出以及格式化51

7.4 使用R语言内含的数据集52

第8章 组合表达式和控制语句54

8.1 组合表达式54

8.2 控制语句54

第9章 函数60

9.1 排序的例子60

9.3 参数名和参数缺省定义62

9.2 定义新的操作符62

9.4 ‘…’形式的参数（虚参）63

9.5 函数和变量的作用范围63

9.6 类、通用函数和面向对象65

9.7 调试67

9.8 操作符号的优先级68

第10章 包70

10.1 标准包70

10.4 R语言中常用的包71

10.3 包命名空间71

10.2 扩展包和CRAN71

第11章 R语言中的统计73

11.1 R语言中的概率分布73

11.2 从离散数据集分析概率分布特性76

11.3 回归分析80

第12章 图形函数90

12.1 高级图形命令90

12.2 低级图形函数98

12.3 与图形进行交互100

12.4 利用图形参数101

12.5 图形参数列表102

12.6 设备驱动108

12.7 动态图形111

下篇 Bioconductor及其应用115

第13章 Bioconductor与DNA微阵列数据处理115

13.1 Bioconductor简介115

13.2 DNA微阵列116

13.3 微阵列数据处理与分析118

13.4 Bioconductor开发背景126

13.5 Bioconductor各种包的分类介绍131

第14章 Bioconductor的使用140

14.1 Bioconductor的获取和安装140

14.2 Bioconductor快速入门143

14.3 Bioconductor应用实例145

第15章 数据库访问162

15.1 Rdbi软件包162

15.2 RdbiPgSQL软件包165

15.3 SAGElyzer软件包167

第16章 图形及用户接口174

16.1 widgetTools包174

16.2 tkWidgets包178

16.3 geneplotter包180

16.4 hexbin包185

16.5 limmaGUI包186

16.6 affylmGUI包188

16.7 webbioc包188

17.1 graph包190

第17章 图结构190

17.2 RGBL包200

17.3 Rgraphviz包204

17.4 SNAData数据包213

第18章 通用工具214

18.1 reposTools包214

18.2 Biobase包222

18.3 Biostrings包229

18.4 DynDoc包236

18.5 Ruuid包238

18.6 ctc包239

18.7 convert包240

18.8 Icens包241

18.9 exprExternal和externalVector软件包241

第19章 注释242

19.1 annotate包242

19.2 AnnBuilder包247

19.3 Resourcer包258

19.4 SNPtools包261

19.5 Data packages包262

第20章 基因本体学263

20.1 goTools包264

20.2 ontoTools包267

20.3 GOstats包276

第21章 微阵列数据预处理284

21.1 affy包284

21.2 affycomp包297

21.3 affydata包305

21.4 affypdnn包309

21.5 affyPLM包313

21.6 gcrma包318

21.7 makecdfenv包320

21.8 annaffy包323

21.9 marray包330

21.10 matchprobes包343

21.11 vsn包348

第22章 数据分析351

22.1 daMA包351

22.2 edd包353

22.3 factDesign包358

22.4 genefilter包362

22.5 globaltest包365

22.6 gpls包371

22.7 multtest包375

22.8 pamr包381

22.9 MeasurementError.eor包385

22.10 limma包386

22.11 ROC包393

22.12 siggenes包396

22.13 splicegear包404

22.14 RMAGEML包407

第23章 微阵列比较基因组杂交408

23.1 aCGH包408

23.2 DNAcopy包413

第24章 蛋白质组学416

24.1 PROcess包416

24.2 gpls包420

24.3 apComplex包420

主要参考文献422

附录 R语言常用功能一览表423