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第一章　基于靶点的药物发现1

第一节　基本理论计算基础1

一、量子化学1

二、分子力学2

三、分子动力学4

四、分子动力学实验方法5

第二节　分子对接技术7

一、实验方法及操作步骤8

二、分子对接进行药物设计举例17

第三节　蛋白质同源模建技术19

一、实验方法及操作步骤21

二、同源模建应用举例24

第二章　基于药效团的药物发现28

第一节　药效团技术基本原理28

一、药效团的基本概念28

二、药效特征元素的定义29

第二节　药效团模型的构建方法32

一、基于配体活性小分子共同特征的药效团32

二、基于受体结构的药效团33

第三节　药效团实验方法和操作步骤33

一、基于配体共同特征的药效团33

二、基于化合物构效关系的药效团构建36

三、基于受体结构的药效团38

第四节　药效团方法运用案例41

一、HIV-1整合酶抑制剂的发现41

二、HIV-1整合酶抑制剂的结构优化41

三、基于受体结构的药效团42

第三章　类药化合物的合成路线设计与优选47

第一节　类药化合物合成路线的设计策略47

一、有机合成设计理论与逆合成分析法47

二、类型反应法48

三、模拟文献法48

第二节　逆合成分析法48

一、逆合成分析的有关概念49

二、逆合成分析的常见切断方式51

三、逆合成分析理论的应用57

四、逆合成分析方法的局限性61

第三节　药物合成反应的文献调研62

一、常用的化学类三次文献信息资源63

二、美国化学文摘65

三、贝尔斯坦有机化学大全70

第四节　类药化合物合成路线选择与评价原则74

一、原料和试剂的来源74

二、合成步骤、操作与收率75

三、单元反应的次序安排75

四、技术条件与实验安全75

第四章　药物合成实验研究的思路与常用方法77

第一节　药物合成实验室工作规范77

一、实验室安全是首要责任77

二、学术道德及实验记录规范78

三、实验记录模板80

第二节　影响药物合成反应的常见因素81

一、反应物料的配比与浓度81

二、温度83

三、压力84

四、加料方式与加料顺序84

五、溶剂85

六、酸碱度（pH）86

七、搅拌86

八、杂质与原料的纯度86

第三节　药物合成工艺研究的常用方法87

一、应用新试剂或新反应87

二、后处理方法的改进89

三、正交设计90

四、微波合成反应93

第四节　药物合成路线探索的一般步骤98

一、如何研究单元反应98

二、药物合成工艺路线探索实例98

第五章　类药化合物合成的实验技术102

第一节　药物合成反应基本操作102

一、基本操作简介102

二、加热、回流105

三、冷却106

四、搅拌107

五、通气109

六、无水无氧反应111

七、半微量操作118

第二节　反应终点的监测118

一、TLC简介及基本操作118

二、HPLC监测反应进程的基本操作125

三、GC监测反应进程的基本操作128

四、其他方法130

第六章　类药化合物的分离纯化与结构确证132

第一节　类药化合物制备的常用分离与纯化技术132

一、蒸馏132

二、重结晶137

三、柱层析141

四、快速柱层析143

五、制备薄层色谱144

六、制备高效液相145

第二节　类药化合物的结构解析146

一、化合物纯度鉴定的常用方法146

二、化学鉴定147

三、元素分析155

四、波谱解析156

第三节　药物合成产品的结构确证范例172

一、元素分析172

二、紫外吸收光谱173

三、红外吸收光谱173

四、核磁共振氢谱（1H NMR）175

五、核磁共振碳谱（13C NMR）178

六、质谱181

七、热分析181

八、热重量分析182

九、X-粉末衍射182

十、综合解析183

第七章　类药化合物的初步活性评价185

第一节　常用药理活性评价方法简介185

一、分子水平的活性评价185

二、细胞水平的活性评价187

三、动物水平的活性评价187

第二节　类药化合物在分子水平上的活性评价188

一、基于酶活性的先导化合物评价方法188

二、基于受体活性的先导化合物评价方法193

三、基于离子通道的先导化合物活性评价197

第三节　类药化合物在细胞水平上的活性评价方法199

一、抗肿瘤药物细胞水平的活性评价方法199

二、抗菌药物的活性评价方法202

三、抗病毒药物的活性评价方法206

第四节　基本统计学方法与试验数据的处理211

一、统计学的基本概念211

二、常用的量反应资料统计方法212

三、质反应的显著性检验215

第五节　应用举例218

一、目标化合物抑制氨肽酶N的活性试验（In vitro）218

二、目标化合物抑制明胶酶的活性试验（In vitro）218

三、目标化合物对白血病细胞生长抑制试验218

四、目标化合物对人卵巢黏液囊腺上皮癌细胞的生长抑制以及明胶酶谱分析试验219

五、目标化合物抑制荷肝癌H22小鼠血道转移以及碳粒廓清实验220

第八章　QSAR研究方法及结构优化223

第一节　QSAR的基本原理与方法223

一、二维定量构效关系223

二、三维定量构效关系229

三、四维和五维定量构效关系234

第二节 CoMFA和Topomer CoMFA研究的一般步骤及注意事项236

一、实验流程236

二、实验软硬件基础236

三、应用CoMFA方法建立定量构效关系模型236

四、Topomer CoMFA与Topomer Search238

第三节　定量构效关系在新药研究中的应用实例239

一、CoMFA模型的应用239

二、Topomer CoMFA的应用239

索引242