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第一部分入门2

第1章 简介2

1.1 开发理念3

1.2 入门3

1.3 约定4

1.4 版本记录5

第2章 包的结构6

2.1 给包命名6

2.1.1 命名的要求6

2.1.2 命名的策略6

2.2 创建一个包7

2.3 RStudio项目9

2.4 什么是包12

2.4.1 源码包12

2.4.2 压缩包12

2.4.3 二进制包13

2.4.4 已安装的包15

2.4.5 内存中的包15

2.5 什么是库16

第二部分 包的组件20

第3章 R代码20

3.1 R代码的工作流程20

3.2 组织函数21

3.3 代码风格21

3.3.1 对象名称22

3.3.2 空格23

3.3.3 花括号24

3.3.4 行的长度24

3.3.5 缩进24

3.3.6 赋值表达式25

3.3.7 注释指南25

3.4 顶层代码26

3.4.1 加载代码26

3.4.2 R运行环境27

3.4.3 何时需要副作用28

3.4.4 S4类、泛型和方法29

3.5 CRAN注记29

第4章 包的元数据31

4.1 依赖：包需要什么32

4.1.1 版本33

4.1.2 其他依赖34

4.2 标题和描述：包是做什么的34

4.3 作者：你是谁36

4.4 许可证：谁能使用包37

4.5 版本38

4.6 其他域39

第5章 对象文档40

5.1 文档工作流程41

5.2 另一个文档工作流程42

5.3 roxygen注释43

5.4 函数文档45

5.5 数据集文档47

5.6 包文档47

5.7 类、泛型和方法的文档47

5.7.1 S347

5.7.2 S448

5.7.3 RC49

5.8 特殊字符49

5.9 不要重复自己50

5.9.1 从其他函数继承参数50

5.9.2 在同一文件中为多个函数提供文档51

5.10 文本格式参考52

5.10.1 字符格式52

5.10.2 链接52

5.10.3 列表52

5.10.4 数学符号53

5.10.5 表53

第6章 使用指南：长篇文档54

6.1 使用指南工作流程55

6.2 元数据56

6.3 Markdown56

6.3.1 章节57

6.3.2 列表57

6.3.3 内联格式58

6.3.4 表格58

6.3.5 代码59

6.4 knitr59

6.5 开发周期62

6.6 写使用指南的建议62

6.7 CRAN注记63

6.8 下一步63

第7章 测试65

7.1 测试工作流程66

7.2 测试结构67

7.3 编写测试70

7.3.1 测试什么71

7.3.2 跳过测试71

7.3.3 建立自己的测试工具72

7.4 测试文件73

7.5 CRAN注记74

第8章 命名空间75

8.1 动机75

8.2 搜索路径76

8.3 命名空间78

8.4 工作流程79

8.5 导出80

8.5.1 S381

8.5.2 S481

8.5.3 RC82

8.5.4 数据82

8.6 导入82

8.6.1 R函数82

8.6.2 S383

8.6.3 S483

8.6.4 编译过的函数83

第9章 外部数据84

9.1 导出的数据84

9.2 内部数据86

9.3 原始数据87

9.4 其他数据87

9.5 CRAN注记87

第10章 编译过的代码88

10.1 C＋＋88

10.1.1 工作流程89

10.1.2 文档90

10.1.3 导出C＋＋代码91

10.1.4 导入C＋＋代码91

10.1.5 最佳实践91

10.2 C92

10.2.1 .call（）入门92

10.2.2 .c（）入门94

10.2.3 工作流程95

10.2.4 导出C代码95

10.2.5 导入C代码96

10.2.6 最佳实践97

10.3 调试编译过的代码97

10.4 makefile99

10.5 其他语言100

10.6 许可100

10.7 开发工作流程100

10.8 CRAN的问题101

第11章 安装文件102

11.1 包引用103

11.2 其他语言104

第12章 其他组成部分105

第三部分 最佳实践108

第13章 Git和GitHub108

13.1 RStudio、Git和GitHub109

13.2 初始设置110

13.3 创建本地的Git仓库111

13.4 查看改变113

13.5 记录改变114

13.6 提交的最佳实践117

13.7 忽略文件118

13.8 撤销一个错误118

13.9 与GitHub同步120

13.10 使用GitHub的好处121

13.11 与他人合作122

13.12 问题124

13.13 分支124

13.14 创建拉请求125

13.15 向另一个仓库提交拉请求127

13.16 审查和接受请求129

13.17 更多内容129

第14章 自动检查131

14.1 工作流程131

14.2 检查132

14.2.1 检查元数据132

14.2.2 包的结构133

14.2.3 描述134

14.2.4 命名空间136

14.2.5 代码136

14.2.6 数据138

14.2.7 文档139

14.2.8 演示140

14.2.9 编译过的代码140

14.2.10 测试141

14.2.11 使用指南141

14.3 使用Travis进行每次提交后的检查143

14.3.1 基本配置143

14.3.2 其他用途144

第15章 发布包145

15.1 版本号145

15.2 向后兼容146

15.3 提交过程148

15.3.1 测试环境149

15.3.2 检查结果150

15.3.3 反向依赖150

15.4 CRAN的政策151

15.5 重要文件152

15.5.1 README.md152

15.5.2 README.Rmd152

15.5.3 NEWS.md153

15.6 发布154

15.6.1 关于提交失败154

15.6.2 二进制包编译155

15.7 准备下一个版本156

15.8 宣传包156

15.9 祝贺你157