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第一章 绪论1

一、动物分子育种的定义及理论基础1

二、动物分子育种的研究内容2

三、动物分子育种的成就9

四、动物分子育种的趋势13

第二章 基因的理论及新发展19

第一节 关于基因的理论19

一、基因概念的建立19

二、基因的经典概念20

三、基因与DNA的关系20

四、基因的顺反子学说21

第二节 基因研究的新发展22

一、重叠基因23

二、断裂基因23

三、移动基因27

四、假基因33

第三节 基因的大小及分子结构35

一、基因的大小35

二、基因的分子结构35

第三章 动物数量性状的遗传基础39

第一节 数量性状39

一、数量性状的概念39

二、数量性状与质量性状有本质的区别吗39

三、数量性状的研究概况40

四、数量性状研究的目标与意义41

第二节 数量性状的遗传模式42

一、微效多基因假说42

二、数量性状遗传模式的扩展42

三、数量性状的数学模型43

四、数量性状的基因效应44

五、数量性状基因数目的估测方法45

第三节 动物数量性状的主基因47

一、主基因的概念47

二、主基因与数量性状位点（QTL）的关系47

三、主基因对动物遗传育种产生的影响48

四、主基因的检测方法49

第四节 动物数量性状主基因的研究52

一、猪数量性状主基因的研究52

二、羊数量性状主基因的研究54

三、牛数量性状主基因的研究55

四、家禽数量性状主基因的研究57

五、动物数量性状主基因研究展望58

第四章 动物的核基因组61

第一节 基因组61

一、基因组含义61

二、基因组的大小及组成61

三、C值悖理63

四、基因组的基因数目64

五、基因组必需基因及基因总数65

第二节 基因组学66

一、结构基因组学66

二、功能基因组学67

三、比较基因组学67

四、进化基因组学69

五、动物基因组学研究的意义69

第三节 动物基因组研究的策略70

一、动物基因组研究的目标与内容70

二、动物基因组研究的方法70

三、动物基因组研究的水平73

第四节 动物核基因组结构74

一、动物基因组的结构特征74

二、基因组DNA的复杂度74

三、动物基因组DNA的序列75

四、基因家族77

五、动物核基因组的卫星DNA80

第五节 动物核基因组的进化82

一、分子进化82

二、基因的进化87

三、基因组的进化90

四、蛋白质的进化96

第五章 动物的线粒体基因组101

第一节 线粒体形态结构及其基因的遗传101

一、线粒体的形态与分布101

二、线粒体的结构102

三、线粒体基因的遗传特征102

第二节 动物的线粒体基因组103

一、动物线粒体基因组的大小103

二、动物线粒体基因组的结构104

三、动物线粒体基因组的组成特点104

四、动物线粒体基因组的编码特点105

五、动物线粒体基因组与核基因组的关系105

六、动物线粒体基因组的进化106

第三节 动物线粒体DNA遗传信息的传递107

一、线粒体DNA的复制107

二、线粒体基因的转录与翻译110

三、线粒体基因的表达调控112

第四节 动物线粒体DNA的遗传多态性研究113

一、动物线粒体 DNA产生多态性的原因113

二、动物线粒体DNA多态性的研究方法114

三、动物线粒体DNA多态性的研究115

四、线粒体DNA多态性在动物遗传育种中的应用121

第六章 动物分子遗传标记127

第一节 分子遗传标记的技术原理与特点127

一、RF LP标记127

二、AFLP标记128

三、RAPD标记130

四、DNA指纹标记132

五、微卫星DNA标记133

六、PCR-SSCP标记135

七、SNP标记137

八、表达序列标签（EST）标记139

第二节 分子遗传标记在动物遗传育种中的应用141

一、动物的起源进化研究141

二、动物群体间亲缘关系及群体遗传结构分析142

三、动物杂种优势预测143

四、分子遗传标记与动物基因图谱构建以及QTLs的定位143

五、标记动物的经济性状144

六、动物品种遗传资源评价与保护145

第三节 mRNA差异显示技术146

一、mRNA差异显示技术的基本原理146

二、mRNA差异显示技术的特点147

三、mRNA差异显示技术的改进148

四、mRNA差异显示技术在动物遗传育种中的应用150

第七章 动物基因定位157

第一节 动物基因定位概述157

一、基因定位的概念157

二、动物基因定位的研究简史158

第二节 动物基因定位的方法159

一、体细胞融合法159

二、连锁分析法162

三、染色体原位杂交法168

四、比较作图法171

五、DNA芯片法171

第三节 动物数量性状基因（QTL）的定位172

一、动物QTL定位的基本原理172

二、动物QTL定位的方法173

三、动物QTL定位的研究177

四、动物QTL定位存在的问题178

五、动物QTL定位的展望178

第四节 动物的基因图谱研究179

一、遗传图谱179

二、物理图谱185

三、转录图谱187

四、序列图谱190

五、基因图谱在动物遗传育种中的应用190

第八章 转基因技术与动物分子育种196

第一节 动物转基因技术的基本原理196

一、动物转基因技术产生与发展的理论基础196

二、动物转基因的选择及结构197

三、转基因的表达特性与调控198

四、动物转基因技术与传统技术的关系200

第二节 转基因动物的研究方法201

一、显微注射法201

二、反转录病毒载体法201

三、胚胎干细胞转染法204

四、精子载体法206

五、核移植（克隆）法介导的基因转移207

六、痘苗病毒介导的基因转移207

七、性腺转基因方法207

八、基因打靶转基因方法208

九、转基因动物的鉴定210

第三节 转基因动物育种的研究概况212

一、转基因动物的研究简史212

二、常规性转基因动物育种213

三、非常规性转基因动物育种214

第四节 动物的转基因研究216

一、转基因猪216

二、转基因牛217

三、转基因羊218

四、转基因兔220

五、转基因鸡221

六、转基因动物育种中存在的问题222

七、转基因动物育种的前景展望224

第五节 动物克隆技术224

一、动物克隆的概念及研究简史225

二、动物克隆的方法226

三、影响克隆动物成功的主要因素227

四、动物克隆技术对畜牧业生产的影响230

第九章 动物分子标记辅助育种234

第一节 分子标记辅助选择234

一、分子标记辅助选择产生的背景234

二、分子标记辅助选择的理论基础235

三、分子标记辅助选择的优越性235

四、分子标记辅助选择的前提237

五、分子标记辅助选择的基本策略238

六、分子标记辅助选择的方法239

七、影响分子标记辅助选择效果的因素242

八、分子标记辅助选择应用的制约因素244

第二节 分子遗传标记与杂种优势分析245

一、杂种优势的概念、特点与度量245

二、杂种优势的遗传基础246

三、应用分子标记研究杂种优势的遗传机理250

四、分子标记与杂种优势预测253

第三节 分子标记辅助保种255

一、动物遗传资源保护理论与方法的研究简史256

二、分子标记辅助保种的原理与方法257

三、分子标记辅助保种的特点259

四、分子标记辅助保种有待研究的问题及应用前景259

第十章 动物基因组育种263

第一节 结构基因组学263

一、结构基因组学的创立263

二、结构基因组学的研究目标264

三、结构基因组学的研究主要内容及策略265

四、结构基因组学的研究现状265

五、结构基因组学研究中NMR的特点267

六、结构基因组学面临的挑战267

第二节 比较基因组学268

一、比较基因组学的起源268

二、比较基因组学的研究方法269

三、比较基因组学的应用272

第三节 功能基因组学274

一、功能基因组学的研究内容274

二、功能基因组学的研究方法275

三、动物功能基因组学的研究278

第四节 全基因组选择及其在动物育种中的应用279

一、全基因组选择的理论基础280

二、全基因组选择参数的估计方法280

三、动物全基因组选择的影响因素281

四、全基因组选择的优势及应用282

第五节 生物信息学与动物分子育种283

一、生物信息学概述283

二、生物信息学的数据库284

三、生物信息学在动物分子育种中的应用287