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第1章自噬分子机制概述1

1.1引言1

1.2自噬的分子机制3

1.2.1自噬的诱导和调节3

1.2.2 Cvt途径和其他具有选择性的自噬类型7

1.2.3磷脂酰肌醇-3-激酶复合物10

1.2.4两种泛素样蛋白质缀合系统（conjugation system）11

1.2.5 Atg9及其循环系统13

1.2.6囊泡的从头形成14

1.2.7囊泡与液泡的对接和融合16

1.2.8囊泡分解以及所产生大分子的循环利用16

1.3结论17

参考文献17

第2章大自噬的信号传导及调节24

2.1引言25

2.2信号传导通路26

2.2.1TOR依赖的信号传导通路26

2.2.2 mTOR非依赖的通路29

2.2.3其他通路29

2.3自噬体的形成31

2.3.1 Atg1及其作用伴侣32

2.3.2 Atg6/Beclin 132

2.3.3 Atg蛋白的翻译后修饰34

2.3.4 Atg蛋白的转录调节35

2.3.5细胞骨架35

2.4成熟步骤36

2.4.1 晚期自噬的形态学和定义36

2.4.2成熟事件的调节36

2.4.3自噬体的信号传导和成熟38

2.5如何调控自噬38

2.6结论40

参考文献40

第3章自噬的生理功能50

3.1 引言50

3.2自噬的生理功能51

3.2.1氨基酸池的维持51

3.2.2细胞内质量控制（quality control）51

3.2.3自噬选择性降解52

3.2.4发育和细胞死亡53

3.2.5肿瘤抑制5

3.2.6抗衰老54

3.3结论55

参考文献55

第4章自噬与淋巴细胞稳态60

4.1引言60

4.2细胞因子和MHC/肽配体对T细胞稳态的调节61

4.2.1 T细胞稳态中的细胞因子61

4.2.2T细胞稳态中的TCR - MHC相互作用61

4.3内源性和外源性凋亡途径对T细胞稳态的调节62

4.3.1 T细胞稳态中的外源性凋亡途径62

4.3.2T细胞稳态中的内源性凋亡途径62

4.4T淋巴细胞中的自噬诱导63

4.5自噬：在T细胞生存和死亡中的双重作用64

4.5.1 在体内自噬促进稳定的T细胞生存65

4.5.2自噬促进T细胞死亡66

4.5.3自噬作为T细胞中生存和死亡的矛盾介导物66

4.6T细胞增殖中的自噬66

4.6.1在T细胞增殖中自噬体的形成67

4.6.2自噬基因除自噬体形成之外在T细胞增殖中发挥作用67

4.7 B淋巴细胞中的自噬68

4.8结论68

参考文献69

第5章自噬与固有免疫识别系统75

5.1 引言75

5.2自噬与感应病毒：城堡巡逻76

5.2.1 病毒的固有免疫识别76

5.2.2自噬通过TLR在病毒的固有免疫识别中发挥作用77

5.2.3 Atg5/自噬在pDC的TLR9信号传导中的作用78

5.2.4通过Atg5-Atg12缀合物负调节RLR78

5.3固有免疫识别、自噬诱导和吞噬作用之间的相互作用：保卫城堡78

5.3.1吞噬作用79

5.3.2自噬与吞噬作用的合聚79

5.4细胞因子反馈：擂响战鼓81

5.5结束语81

参考文献82

第6章自噬在MHC Ⅱ类内源性抗原提呈中的作用85

6.1引言85

6.2 MHCⅡ类分子肽配体的来源蛋白86

6.3细胞内抗原加工到MHCⅡ类蛋白质上87

6.4大自噬作为MHC Ⅱ类配体的来源88

6.4.1模式抗原89

6.4.2肿瘤抗原90

6.4.3细胞内病原体作为大自噬依赖的MHCⅡ类抗原的来源90

6.4.4大自噬后自身抗原作为MHC Ⅱ类抗原表位的来源91

6.4.5专职抗原提呈细胞中的大自噬91

6.4.6上皮细胞中的大自噬91

6.5结论93

参考文献93

第7章自噬和自噬基因在炎性肠病中的作用97

7.1引言97

7.2炎性肠病98

7.2.1人类炎性肠病的临床表现98

7.2.2结肠炎小鼠模型98

7.2.3小肠疾病的小鼠模型99

7.2.4细菌在炎性肠病中的作用100

7.3自噬和克罗恩病101

7.3.1鉴定ATG16L1和IRGM 1为克罗恩病易感基因101

7.3.2 Atg16L1在自噬中的作用102

7.3.3 IRGM 1在自噬中的作用103

7.4自噬在肠生物学中的作用104

7.4.1检测Atg16L1在体内功能的两个小鼠模型104

7.4.2 Atg16L1缺失导致炎症反应增强且促炎性细胞因子IL-1 β在巨噬细胞中的表达增加104

7.4.3 Atg16L1表达降低的小鼠重现克罗恩病的病理表现，揭示Atg16L1在克罗恩病中作用的细胞靶标105

7.5结论和未来展望109

参考文献110

第8章自噬在抵御结核分枝杆菌感染的免疫中的作用：一种研究自噬免疫功能的模型系统116

8.1引言：自噬作为一种抵抗细菌、原生动物寄生虫和病毒的抗微生物防御机制116

8.2结核分枝杆菌寄生在宿主巨噬细胞中117

8.3自噬消除细胞内结核分枝杆菌118

8.4自噬溶酶体在微生物杀灭中的独特性能119

8.5自噬是Th1/Th2极化效应物119

8.6免疫相关GTP酶（IRG）调节抗微生物防御和炎症中的自噬120

8.7自噬是模式识别受体信号传导的效应物122

8.8结论和一种模型124

参考文献125

第9章自噬在防御胞内细菌的免疫中的作用130

9.1 自噬作为一种抵抗细菌的免疫防御机制131

9.2肠道沙门菌鼠伤寒血清型的自噬作用131

9.2.1沙门菌相关疾病131

9.2.2鼠伤寒沙门菌在哺乳动物细胞中的细胞内生活模式132

9.2.3鼠伤寒沙门菌的毒力：Ⅲ型分泌系统及其效应因子132

9.2.4防御鼠伤寒沙门菌的自噬作用134

9.2.5胞内鼠伤寒沙门菌的多种命运134

9.3产单核细胞李斯特菌的自噬135

9.3.1产单核细胞李斯特菌的相关疾病135

9.3.2产单核李斯特菌在哺乳动物细胞中的生存模式135

9.3.3产单核细胞李斯特菌的毒力因子135

9.3.4产单核细胞李斯特菌的自噬137

9.3.5宽阔的李斯特菌容纳吞噬体138

9.3.6不同产单核细胞李斯特菌菌群的多种命运139

9.4福氏志贺菌和其他胞内菌的自噬作用139

9.5炎性肠病中的细菌自噬141

9.6小结143

参考文献143

第10章A群链球菌：与自噬的战争中的失败者149

10.1 A群链球菌对宿主细胞的入侵149

10.2 A群链球菌从内吞体中的逃逸150

10.3自噬对A群链球菌的捕获150

10.4赢家还是输家？151

10.5和传统自噬作用的差异152

10.6金黄色葡萄球菌感染中的自噬153

10.7结语154

参考文献154

第11章细菌对自噬的策反156

11.1伯内特考克斯体156

11.1.1细菌形态和抗原变异156

11.1.2伯内特考克斯体的Ⅳ型分泌系统157

11.1.3伯内特考克斯体的复制小生境157

11.1.4自噬途径利于伯内特考克斯体的感染158

11.2嗜肺军团菌159

11.2.1嗜肺军团菌产生一种专门的细菌区室159

11.2.2 do t /icm基因复合体编码的Ⅳ型分泌系统159

11.2.3嗜肺军团菌对宿主自噬途径的利用159

11.3金黄色葡萄球菌160

11.3.1 金黄色葡萄球菌小细胞突变体160

11.3.2全局调节系统agr和sar161

11.3.3金黄色葡萄球菌的胞内生存：从吞噬区室中逃逸161

11.3.4金黄色葡萄球菌对自噬途径的策反161

11.4龈紫单胞菌162

11.4.1龈紫单胞菌的胞内生活以及自噬途径163

11.4.2牙龈菌蛋白酶的作用163

11.5嗜吞噬细胞无浆体164

11.5.1嗜吞噬细胞无浆体和自噬途径的相互作用164

11.5.2自噬途径利于嗜吞噬细胞无浆体的感染164

11.6流产布鲁杆菌165

11.6.1流产布鲁菌的胞内小生境165

11.7结语166

参考文献167

第12章刚地弓形虫免疫防御中的自噬作用171

12.1前言171

12.2 CD40和刚地弓形虫感染172

12.2.1 CD40通过空泡-溶酶体融合诱导弓形虫杀灭活性173

12.2.2 CD40通过自噬作用诱导杀弓形虫活性173

12.3刚地弓形虫感染中自噬作用的关联性176

12.4结语177

参考文献177

第13章自噬在哺乳动物抗病毒免疫中的作用181

13.1引言181

13.2自噬与病毒的战斗182

13.2.1自噬抵御嗜神经组织病毒的感染183

13.2.2 HSV-1183

13.2.3自噬在哺乳动物病毒性疾病中的潜在保护机制184

13.3病毒实施逃逸策略187

13.3.1 HSV-1对自噬发动协同攻击188

13.3.2病毒Bc l-2同系物拮抗宿主自噬189

13.3.3自噬逃逸作为一种普遍的毒力机制？189

13.4结论190

参考文献190

第14章有新有旧：植物固有免疫和自噬作用193

14.1前言193

14.2自噬在植物发育和衰老中的作用193

14.3自噬和植物固有免疫194

14.4自噬限制死亡信号吗？解释HR-PCD调节的一个模型196

14.5自噬在基础免疫应答过程中的作用198

14.6植物RNA病毒和叶绿体198

14.6.1病毒在叶绿体内的生理学后果199

14.6.2病毒诱导叶绿体向液泡运输：是叶绿体自噬还是被处决的无辜者199

14.7液泡中植物病毒的清除201

14.8结语202

参考文献202

第15章自噬在HIV诱导的T细胞死亡中的作用207

15.1引言207

15.2 HIV复制周期208

15.3高效抗逆转录病毒治疗和诱导自噬的药物209

15.4导致免疫缺陷的机制210

15.5自噬在Env介导的CD4T细胞死亡中的作用211

15.6自噬在HIV感染的细胞中的作用212

15.7结论212

参考文献213

第16章病毒对细胞自噬途径的策反218

16.1引言218

16.2对病毒有利的自噬途径219

16.3自噬能为病毒做什么？220

16.4结论223

参考文献224

索引226