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第一部分R语言编程入门1

第1章 R语言简介：全景图3

认识到使用R语言的优势5

免费、开源代码5

可以在任何环境下运行5

R语言支持扩展5

拥有活跃的社区5

和其他语言的连接6

R语言的独特之处7

向量的多项计算7

不仅仅是统计分析8

无需编辑直接运行8

第2章 探索R9

使用代码编辑器10

探索RGui11

用RStudio优化13

开始第一个R会话15

向世界说你好15

使用向量15

存储和计算值16

回馈用户18

启动一个脚本18

响应你的工作20

导航环境21

操纵环境中的内容21

保存你的工作21

检索你的工作22

第3章R基础知识23

充分利用函数的强大功能23

向量函数24

函数参数调用25

创建历史记录27

保持代码的可读性27

遵循命名规则28

组织代码30

添加注释32

R基础功能的扩展32

查找扩展包32

安装扩展包33

加载和卸载扩展包33

第二部分 开始使用R35

第4章 算术入门37

数值、无穷值与缺失值37

基础运算的操作38

使用数学函数40

计算整个向量43

无穷及其以后43

使用向量组织数据45

探索向量属性45

创建向量48

向量连接48

重复向量49

向量值的存取49

理解R的索引50

从向量中提取数值50

修改向量的值51

使用逻辑向量52

值的比较53

将逻辑向量作为索引54

逻辑表达式的组合55

逻辑向量小结56

增强数学运算56

使用向量的数学运算57

参数循环59

第5章 开始读和写61

对文本数据使用字符向量61

为字符向量赋值62

创建包含多个元素的字符向量62

获取向量的子集63

为向量中的值命名64

文本操作66

字符串理论：组合和分割字符串66

文本排序69

查找文本中包含的内容70

文本替换72

使用正则表达式73

使用因子进行分类76

创建因子76

转换因子77

关注水平79

区分数据类型80

使用有序因子81

第6章 使用R处理时间数据83

处理日期83

用不同的格式表示日期85

添加时间86

日期和时间的格式88

操作日期与时间88

加法和减法89

日期的比较89

提取90

第7章 高维数据的处理93

添加第二个维度93

探索新维度94

将向量组合成矩阵97

使用索引98

提取矩阵元素的值98

降低维度100

修改矩阵中的值100

为矩阵行列命名101

修改行和列的名称102

将名称作为索引103

矩阵的计算103

矩阵的基本运算103

行列求和105

矩阵运算105

添加更多维度107

创建数组107

使用维度来提取数据108

在数据框组合不同类型的值109

由矩阵创建数据框109

从零开始创建数据框111

命名变量和规则112

操纵数据框中的值113

提取变量、观察值和元素值114

向数据框添加观测值115

向数据框添加变量117

将不同类型的对象组合到列表中118

创建列表119

提取列表中的元素120

修改列表中的元素122

理解列表的str（）输出结果124

透过树木看到森林125

第三部分 编写R代码127

第8章 探索函数的乐趣129

从脚本到函数129

编写脚本130

转换脚本130

使用函数131

简化代码133

巧妙地使用参数134

添加更多的参数135

点参数的魔力136

将函数作为参数137

处理作用域140

穿越边界140

方法分配142

隐藏函数背后的方法142

实现自己的通用函数144

第9章 控制逻辑流146

使用“if”语句做出判断选择147

用“if …else”语句实现另一种选择149

判断选择的向量化150

查看问题150

基于逻辑向量进行判断151

多种选择152

嵌套“if…else”语句153

用switch处理多种选择154

循环遍历155

构造一个“for”循环155

通过“for”循环来进行计算156

无循环的循环：认识“Apply”家族函数158

“ apply”函数的家族特征159

认识“apply”家族中的三个成员159

针对行和列使用apply函数160

将函数应用于与列表类似的对象上162

第10章 调试代码165

知道要查找什么165

阅读错误信息和警告信息166

阅读错误信息166

注意警告信息（或者不）167

查找漏洞169

logit计算169

了解错误的来源169

查找函数内部170

自定义消息174

创建错误174

创建警告175

一些常见的错误175

从错误的数据开始176

格式错误的数据176

第11章 取得帮助180

在R帮助文档中查找信息180

当我们明确地知道到底查找什么时180

当我们不知道到底要查找什么时181

在互联网上查找R帮助文档182

加入R社区184

在Stack Overflow和Stack Exchange讨论R184

使用R邮件列表184

在Twitter讨论R185

实现最小可复现示例185

用随机数创建样本数据186

精简代码187

提供必要的信息187

第四部分 让数据说话189

第12章 导入和导出数据191

导入数据到R中191

在R文本编辑器中录入数据192

使用剪贴板复制和粘贴193

从CSV文件中读取数据195

从Excel中读取数据198

处理其他数据类型200

R中导出数据201

使用文件和文件夹202

了解工作目录202

文件操作204

第13章 操作和处理数据207

确定最合适的数据结构207

创建数据子集208

理解三种子集运算符209

理解取子集的五种方式209

提取数据框子集210

在数据中添加计算域214

数据框的列运算214

使用with和within提高代码的可读性215

对数据进行分组216

组合与合并数据集217

创建示例数据218

使用“merge（）”函数220

使用查询表221

数据排序223

对向量进行排序224

对数据框进行排序224

使用“apply”函数遍历数据227

使用“apply（）”函数汇总数组228

使用“lapply（）”和“sapply（）”来遍历列表或数据框229

使用“tapply（）”创建表格汇总数据230

了解公式接口232

规范数据的格式234

理解数据的长格式和宽格式234

初识reshape2包235

将数据转换为长格式236

将数据重塑宽格式237

第14章 数据汇总240

从正确的数据开始241

使用因子或数值241

唯一值计数242

准备数据242

描述连续变量243

讨论数据的中心243

描述变异性244

计算分位数244

描述分类245

计数246

计算比例246

查找中心247

描述分布248

绘制直方图248

使用频率和密度249

描述多元变量251

完整数据集的汇总251

绘制子集的分位数252

记录相关性254

使用表格257

创建双向表257

将表格转换为数据框258

边际与比例259

第15章 差异与关联检验261

仔细研究分布262

观察海狸262

正态分布的图形检验262

使用分位图263

使用公式法检验正态性265

比较两个样本267

差异检验267

比较成对数据269

检验频数和比例270

检验比例270

表格分析271

提取检验结果273

使用模型273

方差分析274

计算差异276

线性关系建模278

线性模型评估280

预测新值282

第五部分 绘制图形285

第16章 使用基本图型287

创建不同类型的数据图287

数据图概览287

向数据图添加点和线288

各种类型的数据图292

控制数据图选项和参数294

添加标题和坐标轴标签294

修改数据图选项295

在单页中绘制多个数据图298

将数据图保存成图片文件299

第17章 使用lattice绘制切片图301

创建lattice数据图302

加载lattice包303

制作lattice散点图303

添加趋势线304

修改数据图的选项306

添加标题和标签306

修改标题和标签的字号307

使用主题修改数据图选项308

绘制不同类型的数据图309

绘制柱状图309

绘制箱型图310

绘制分组数据311

使用高格式数据311

绘制分组数据313

添加图例313

输出和保存lattice数据图314

将lattice图赋予一个对象315

在脚本中输出lattice数据图315

将lattice数据图保存成文件315

第18章 学习ggplot2制图317

安装并加载ggplot2317

认识层318

使用geom和stat319

定义数据319

从数据映射到可视元素320

获得geom321

了解stat324

添加切片、标尺和选项326

添加切片326

修改选项327

获取更多信息329

第六部分20条有用建议331

第19章10种用R不用Excel的情况333

添加行和列的总和333

格式化数据334

数据排序336

使用if进行选择336

计算条件总和337

列或行转置337

查找唯一或重复值338

使用检索表339

利用数据透视表339

使用单变量求解340

第20章 关于程序包的10个技巧343

探索CRAN343

寻找有趣的程序包344

安装程序包344

加载程序包345

阅读程序包的手册和文档345

更新程序包346

使用R-Forge347

从github获取程序包347

从Bioconductor进行安装348

阅读R手册348

附录A安装R和RStudio349

附录B rfordummies包355

译后记357