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第1章 介绍：共生和共生总基因组概念1

共生总基因组概念1

历史回顾2

概念和定义3

要点5

参考文献6

第2章 原核生物和真核生物的起源8

关于原始细胞起源的推测8

原核生物和真核生物的起源10

病毒的起源12

多细胞生物体的起源13

要点15

参考文献16

第3章 微生物区系的丰度和多样性20

微生物区系的丰度20

微生物区系的多样性21

无脊椎动物的微生物区系23

脊椎动物的微生物区系24

植物的微生物区系26

影响微生物区系丰度和多样性的因素28

要点30

参考文献30

第4章 微生物区系在共生总体上下代间的传递36

无脊椎动物38

脊椎动物39

植物41

微生物区系的传递和社会行为42

传递和共生总体概念43

要点43

参考文献44

第5章 微生物区系是共生总体适应性的一部分48

微生物区系防御病原体50

微生物区系为宿主提供营养51

微生物区系影响动物和植物的发育54

肥胖57

微生物区系影响动物行为58

细菌在交配偏好和物种形成中发挥作用59

微生物区系与解毒60

温度适应61

微生物区系温暖它们的宿主62

共生总体是一个独特的生物实体63

要点63

参考文献64

第6章 共生总体的变异70

达尔文学说与拉马克学说70

共生总体的变异模式72

微生物的扩增73

新共生体的获得和“卫生假说”75

基因水平转移76

获得性遗传（拉马克学说）78

要点78

参考文献79

第7章 病毒是共生总体适应性和进化的一部分83

共生总体中病毒的丰度和多样性83

病毒的传递85

病毒是生物体适应性和进化的一部分86

要点89

参考文献90

第8章 共生总体的进化94

介绍94

进化的选择水平和漂变95

共生总体的随机漂变和进化97

合作和欺骗98

合作的进化100

共生总基因组和物种形成103

复杂生物进化中的竞争与合作105

要点106

参考文献107

第9章 病原菌共生体112

人类传染性疾病113

植物传染性疾病117

病毒病原体119

细菌病原体进入非结瘤共生体的进化实验120

兔黏液瘤病：宿主-寄生物共进化的一个案例121

人类微生物区系和非传染性疾病121

从进化角度考虑共生总体中病原体的作用123

要点125

参考文献126

第10章 益生元、益生菌、合生素和噬菌体治疗131

介绍131

益生元：通过扩增自身菌群来改变共生总体132

益生菌：通过摄取外来菌群来改变共生总体133

合生素135

噬菌体治疗136

要点139

参考文献140

第11章 结语146

概要146

需要进一步分析微生物多样性146

共生总体中微生物区系的生理及其他功能148

免疫系统与微生物共生体间的互作148

微生物对人类、动物和植物共生体健康的贡献149

共生总体的变异和进化150

生物学或微生物学教学151

参考文献152