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一、前言1

二、分子之间的相互作用力1

第一章 分子识别的理化基础1

（一）共价键4

（二）非共价键7

三、分子识别中的立体化学因素20

（一）构象对分子识别的影响20

（二）构型对分子识别的影响22

四、研究分子识别的实验方法25

一、前言28

第二章 分子识别的计算机模拟与药物设计28

二、分子模拟与计算方法29

（一）量子力学方法29

（二）分子力学方法30

（三）统计力学方法31

（四）神经网络方法32

三、基于受体结构的药物分子设计33

（一）先导化合物优化34

（二）先导化合物的全新设计37

（三）先导化合物的三维数据库搜寻40

四、三维定量构效关系42

五、结语46

第三章 反义核酸的分子识别与药物设计48

一、以核酸为靶的药物研究进展概况48

二、反义RNA（asRNA）与反义DNA（asDNA）50

三、三螺旋DNA的形成、结构及生物学意义52

（一）三螺旋DNA的结构及形成的分子机理53

（二）三螺旋DNA结构、构象的表征54

（三）三螺旋DNA的应用55

（一）磷酸骨架的修饰58

四、反义核苷酸的修饰58

（二）碱基的修饰61

（三）核糖的修饰和取代61

*（四）多肽核酸62

第四章 以DNA为靶的小分子药物研究中的分子识别66

一、前言66

二、小分子药物与DNA的识别与作用方式67

（一）共价结合68

（二）非共价结合71

三、小分子药物与DNA作用的特异性研究86

（一）小分子药物与DNA作用的碱基特异性86

（二）小分子药物与DNA作用的序列特异性87

（三）提高药物与DNA作用序列特异性的方法--药物-寡核苷酸偶合物的设计88

第五章 酶学研究中的两个重要进展与分子识别93

一、核酶（ribozyme）93

（一）ribozyme的发现93

（二）天然ribozyme类型及生物功能94

（三）催化作用的分子机理95

（四）HH ribozyme的设计96

（五）HH ribozyme的化学修饰97

（六）非经典的化学键修饰ribozyme研究新进展97

（一）abzyme的发现100

二、抗体酶（abzyme）100

（二）abzyme的分子识别基础101

（三）abzyme设计中的分子识别问题102

第六章 以酶为靶的药物设计中的分子识别106

一、前言106

二、HIV相关酶抑制剂的研究107

（一）HIV的复制机理107

（二）HIV逆转录酶抑制剂研究进展108

（三）HIV蛋白酶抑制剂设计中的分子识别109

三、端粒酶（telomerase）及其抑制剂的研究114

（一）端粒酶RNA的结构识别与抑制剂研究115

（二）端粒酶蛋白质的结构识别与抑制剂研究117

第七章 以受体为靶的药物分子设计121

一、前言121

二、受体与药物的相互作用-原理和生化基础123

三、以受体为靶的药物分子设计126

（一）毒蕈碱型胆碱能受体（M-R）激动剂与阿尔茨海默病（AD）的研究进展127

（二）血管紧张素Ⅱ（A-Ⅱ）受体及拮抗剂的研究进展132

（三）血小板活化因子（PAF）受体拮抗剂的研究进展138

一、金属配合物药物研究中分子识别的一般特点146

第八章 抗癌金属配合物研究中的分子识别146

二、顺铂类抗癌配合物研究中的分子识别150

（一）抗癌铂配合物的结构要求150

（二）细胞摄入铂配合物的机理及手性选择性152

（三）抗癌铂配合物与主要靶分子DNA的作用156

三、非铂类金属抗癌配合物162

（一）主族金属配合物163

（二）过渡金属配合物164

四、金属抗癌配合物的两极互补理论与多靶理论166

（一）两极互补理论166

（二）多靶理论167