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第一章　染色质的结构与功能1

第一节　染色质的基本结构2

一、染色质的基本单位——核小体2

二、核小体的装配与相位5

三、染色质高级结构10

第二节　染色质结构域及其相关元件12

一、染色质的结构域效应13

二、染色质元件及其结合蛋白16

第三节　染色质的修饰与结构重塑22

一、染色质的修饰及其意义22

二、染色质高级结构的分类和修饰特征24

第四节　染色质与表观遗传调控网络28

结束语31

参考文献32

第二章　核心组蛋白的修饰35

第一节　组蛋白密码35

一、组蛋白修饰与基因转录调控36

二、组蛋白修饰的生理与病理意义39

第二节　组蛋白乙酰化修饰42

一、组蛋白乙酰基转移酶42

二、天然核小体乙酰化复合物47

三、组蛋白乙酰基转移酶和FAT48

四、组蛋白去乙酰基酶49

第三节　组蛋白甲基化修饰54

一、组蛋白赖氨酸甲基化54

二、组蛋白精氨酸甲基化58

三、组蛋白去甲基化59

第四节　组蛋白磷酸化61

一、组蛋白H3磷酸化61

二、组蛋白H2B磷酸化64

三、组蛋白H2A和组蛋白H4的磷酸化64

第五节　组蛋白其他类型修饰65

一、组蛋白泛素化修饰65

二、组蛋白SUMO化修饰67

三、组蛋白生物素化修饰69

第六节　组蛋白修饰的网络70

一、组蛋白修饰的顺式相互作用70

二、组蛋白修饰的反式相互作用71

三、组蛋白甲基化与DNA甲基化之间的相互作用72

结束语73

参考文献74

第三章　依赖于ATP的染色质重塑复合物76

第一节　概述76

一、染色质重塑复合物的组成77

二、染色质重塑复合物的作用机制79

三、染色质重塑复合物对基因转录的激活作用83

四、染色质重塑复合物参与抑制基因的转录85

第二节　SWI/SNF复合物家族87

一、SWI/SNF复合物家族的组成87

二、SWI/SNF复合物的结构域及功能89

三、不同的SWI/SNF复合物提供特定的功能94

第三节　ISWI复合物家族101

一、ISWI复合物的功能101

第四节　Mi-2复合物家族104

二、种类繁多的ISWI复合物104

二、MBD2、MBD3与DNA甲基化105

一、Mi-2的功能特异性105

三、MTA蛋白家族与Mi-2/NuRD的功能特异性106

第五节　Ino80和SWR1染色质重塑复合物107

一、Ino80和SWR1重塑复合物的亚基组成107

二、参与组蛋白的交换107

三、参与DNA损伤断裂修复108

第六节　ATP依赖的染色质重塑复合物与其他染色质重塑机制的联系111

一、重塑机制协同激活转录112

二、重塑机制协同抑制转录114

结束语115

参考文献116

一、原核生物甲基化现象117

第四章 真核基因组DNA的甲基化修饰117

第一节 甲基化的基本概念117

二、真核生物胞嘧啶甲基化118

第二节　DNA甲基化对真核基因表达调控的作用122

一、DNMT家族介导转录抑制活性122

二、MBD家族介导的转录阻遏机制125

三、DNA甲基化排斥转录因子130

四、DNA甲基化和组蛋白修饰协同参与转录调控131

第三节　DNA甲基化在重大生命活动中的调控作用133

一、DNA甲基化在重要生理活动中的调控作用134

二、DNA甲基化在疾病中的调控作用136

第四节 甲基转移酶抑制剂在肿瘤治疗中的作用141

参考文献143

结束语143

第一节　RNA干扰及其机制145

一、RNA干扰的转录后沉默145

第五章 RNA与染色质145

二、siRNAs与miRNAs的联系和区别148

第二节　RNAi介导的转录水平沉默148

一、RNA指导的DNA甲基化151

二、依赖RNAi的异染色质形成156

第三节 RNA干扰的应用169

一、RNA干扰在基因功能研究上的应用169

二、RNA干扰在医药科学上的研究及应用前景174

结束语178

参考文献178

一、染色质免疫沉淀分析180

附录 辅助阅读材料180

二、全基因组定位技术183

三、核小体相位分析186

四、染色质DNA酶I高敏感位点的检测188

五、体内DNA足迹法190

六、体外染色质装配194

七、分离组蛋白变异体及修饰异构体199

八、电泳迁移率变更检测法200

九、DNA甲基化检测方法202

十、RNA干扰技术211

十一、染色质构象捕获技术217

索引220